Серьезное внимание в Мосводоканале уделяют выполнению комплекса мер по гражданской обороне, обучению персонала действиям в чрезвычайных ситуациях. За достигнутые высокие показатели в вопросах гражданской обороны в 2011 году МГУП "Мосводоканал" отмечен в приказе "Об итогах деятельности в области гражданской обороны города Москвы в 2011 году и постановке задач на 2012 год" руководителя гражданской обороны города Москвы – Мэра Москвы С.С.Собянина.
В течение 2011 года на предприятии были проведены 21 штабная тренировка, 22 тактико-специальных учения с нештатными аварийно-спасательными формированиями и 793 противоаварийные тренировки, в том числе 90 тренировок с участием комиссий по предупреждению и ликвидации чрезвычайных ситуаций и обеспечению пожарной безопасности филиалов и структурных подразделений.
МГУП "Мосводоканал" участвовал также в учениях и штабных тренировках, проводимых Главным управлением МЧС России, Департаментом жилищно-коммунального хозяйства и благоустройства и Департаментом топливно-энергетического хозяйства г. Москвы.
На предприятии активно внедряются современные системы безопасности и технологии, направленные на усиление защищенности городских объектов.
