В связи с ужесточением требований к качеству очищенных сточных вод, на территории Зеленоградской станции аэрации в 2000 г. были введены в эксплуатацию очистные сооружения, рассчитанные на удаление соединений азота и фосфора, производительностью 140 тыс.м3 в сутки.
Сооружения построены по концессионной модели «ВООТ» («строить – владеть – эксплуатировать - передавать в эксплуатацию городу») с привлечением иностранных инвестиций. В настоящее время в связи с окончанием срока Инвестиционного договора (между МГУП «Мосводоканал» и фирмой «СВХ Хелтер», заключенного в 1998 г.), с 01.07.2013 г. очистные сооружения переданы в хозяйственное ведение АО «Мосводоканал».
Технологическая схема очистки воды включает в себя:
доочистку (скорые фильтры) с обеззараживанием воды ультрафиолетом.
Существующие очистные сооружения запроектированы без отделения обработки осадка. Образующийся избыточный активный ил поступает в централизованную систему водоотведения г. Москвы на Курьяновские очистные сооружения.
В апреле 2020 года введены в эксплуатацию сооружения механического обезвоживания осадка - избыточного активного ила. Установлено 4 центрифуги с комплексом полимерного кондиционирования. Обезвоженный осадок передается специализированным подрядным организациям для его безопасной утилизации в соответствии с имеющимися лицензиями.
Строительство этого комплекса позволило исключить передачу образующихся осадков в систему московской канализации.
Все открытые источники запахов также были оснащены специальными перекрытиями из нержавеющего материала, что исключает возможность попадания дурнопахнущих веществ в атмосферу. Кроме того, реконструирована система вентиляции и смонтированы восемь газоочистных установок.